De oprichters van Protestants Nederland maakten zich rond 1923 zorgen over de grote invloed die het Rooms-katholicisme kreeg binnen Nederland. Hierdoor heeft de vereniging Protestants Nederland vanuit een kritische houding accent gelegd op de verschillen tussen het Rooms-katholicisme en het protestantisme. Dit wil niet zeggen dat de vereniging volledig tegen Rome is. Er is herkenning en in persoonlijke contacten wordt de eenheid van de Kerk soms zichtbaar. Toch blijven verschillen onoverbrugbaar. Hierbij is te denken aan het ambt van de paus en van de priesters, vormen van devotie, de Mariaverering en de traditie die op gelijk niveau is geschakeld met de Bijbel, de sacramenten, de goede werken en de leer van de rechtvaardigmaking.
De vereniging blijft aandacht vragen voor de rijkdom die in de Reformatie is hervonden. Toch krijgt de verhouding Rome – Reformatie een minder zwaar accent dan in vroegere jaren. De tijden zijn veranderd en de fronten van de (geestelijke) strijd zijn verlegd.